Не иссякли и святые источники на территории монастыря. Как и прежде, святая вода и живоносных источников Коренной пустыни дает силы и укрепляет в вере православных людей.
Святых источников в обители несколько:
- Источник на месте явления чудотворной иконы Божьей Матери «Знамение» Курской Коренной в 1295 году;
- Источник свт. Николая Чудотворца;
- Источник прп. Серафима Саровского;
- Источник «Казанской» иконы Божьей Матери;
- Источник великомученика Пантелеимона;
- Источник прп. Серафима Саровского (подворье).
Также есть купели для омовения на месте явления чудотворной иконы и на источнике свт. Николая Чудотворца.