Возобновление деятельности в советское и постсоветское время
Благодаря неустанным молитвам и личным трудам Схимитрополита Иувеналия (а тогда — Архиепископа Курского и Белгородского) были преодолены все сопротивления местных властей, всячески препятствовавших возвращению пустыни Русской Православной Церкви.
7 августа 1989 года Коренная пустынь была возвращена Курской епархии. А уже 15 августа состоялась первая служба (после 66 лет забвения) на месте, где стоял величественный храм обители во имя Рождества Пресвятой Богородицы.
Первый после долгого перерыва крестный ход состоялся 15 июня 1990 года, в девятую пятницу по Пасхе. По своим масштабам он отличался от своих исторических предшественников: его протяженность была всего лишь 300 метров по территории монастыря. Последующие ходы обрели свой прежний исторический масштаб.
Капитальные ремонты
С 1989 года начинается возрождение пустыни из руин. В 1990 году в первозданном виде отреставрированы въездные врата обители. В 1991 году восстановлены колокольня над Святыми вратами и монастырская трапезная. За период 1994-97 г.г. были восстановлены уникальная крытая галерея со сходами к источнику и храм Живоносного источника. Обустроен и освящен 19 сентября 1991 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II храм Рождества Пресвятой Богородицы, восстановлен келейный корпус. На новом месте выстроен большой хозяйственный двор монастыря, где устроен скит с домовой церковью преподобного Серафима Саровского.
11 декабря 2004 году в историко-культурном центре состоялось первое заседание Попечительского совета по возрождению мужского Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Коренная пустынь. Принятые Советом программы позволили выполнить большой объем работ – восстановлены здания Архиерейской гостиницы, игуменского корпуса, отремонтирован храм Рождества Пресвятой Богородицы, восстановлена роспись Святых врат, проведена газификация монастыря. На месте когда-то разрушенного воссоздан главный соборный храм Рождества Пресвятой Богородицы. Проведены работы по благоустройству монастырской территории. Восстановлены галерея (сходов) к источнику и храм Живоносного источника.
24 сентября 2012 года митрополит Курский и Рыльский Герман, архиепископ Берлинско-Германский и Великобританский Марк и епископ Железногорский и Льговский Вениамин совершили чин освящения восстановленного храма во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник» и первую божественную литургию в нем. Отличительной и уникальной особенностью храма является фарфоровый иконостас, выполненный екатеринбургскими мастерами.